Casi toda la reproducción en el paramecio es asexual, dividiéndose transversalmente. El micronúcleo se divide por mitosis y el macronúcleo por constricción, formándose dos porciones más o menos iguales. Cada nuevo micronúcleo, con una parte del macronúcleo, emigra a un extremo del cuerpo celular. Se forma una segunda citofaringe y aparecen dos nuevas vacuolas contráctiles. Casi a la vez, el citoplasma se divide por una cosntricción transversal, produciéndose dos nuevos individuos. Bajo condiciones de laboratorio, los paramecios se han reproducido por división durante más de 15.000 generaciones, con un promedio de 600 por año.
La reproducción sexual es más rara, y se llama conjugación, involucrando a individuos de dos tipos de apareamiento diferentes, morfológicamente iguales,pero distinguibles por su comportamiento reproductivo. En uno de los casos más simples hay cuatro tipos de apareamiento. El apareamiento puede presentarse entre individuos de dos tipos de apareamiento diferentes, pero no entre indivuiduos del mismo tipo de apareamiento.